Но после двух успешных релизов реформированной группы -"Perfect Strangers" и "House Of Blue Light", вокалист вторично покинул DEEP PURPLE и возобновил свою сольную деятельность.

В 88-м вместе с Роджером Гловером Гиллан записал альбом "Accidentally On Purpose", а в 90-м - уже свой сольник "Naked Thunder", в работе над которым принимали участие гитарист Стив Моррис (Steve Morris, ex-EXPORT), барабанщик Саймон Филлипс (Simon Phillips) и уже знакомый басист Джон Густафсон. На гастроли же - мировое турне, в которое впервые был включен Советский Союз - певец поехал вместе с Моррисом и бывшей ритм-секцией M.S.G. и SENSATIONAL ALEX HARVEY BAND - бас-гитаристом Крисом Гленом (Chris Glen) и ударником Тедом Маккена (Ted McKenna).

Вернувшись с гастролей Гиллан планировал писать новый диск вместе со Стивом Моррисом, бас-гитаристом Нилом Мюрреем (Neil Murray, ex-WHITESNAKE, BLACK SABBATH) и барабанщиком Кози Пауэллом (Cozy Powell, ex-M.S.G., RAINBOW, WHITESNAKE, BLACK SABBATH и др.), но в итоге работа над "Toolbox" велась составом: басист Бретт Блумфилд (Brett Bloomfield, ex-SNAIL, LE MANS, STARSHIP), барабанщик Леонард Хэйз (Leonard Haze, ex-Y&T) и гитаристы Дин Ховард (Dean Howard, ex-T'PAU) и Лесли Уэст (Leslie West).

В начале 1993 году Йен Гиллан вернулся в DEEP PURPLE, где пребывает и сегодня. За эти годы Гиллан в составе DEEP PURPLE посетил с концертами Россию еще три раза - в июне 96-го в рамках "Purpendicular Tour", и в турне "Abandon" в 98-м и в 2000 году. И лишь в 97-м Гиллан устроил себе короткий отпуск, чтобы со Стивом Моррисом записать еще один сольный альбом "Dreamcatcher". Фирма Angel Air в последние годы выпустила, по меньшей мере, десяток редких записей Йена Гиллана.