Второй альбом Мура получил название "Time Odyssey" (1988 год) и, благодаря ему Мура стали называть гитарным новатором. Однако контракт с Shrapnel был расторгнут, и эта работа была издана компанией Squawk. Третий альбом "Meltdown" получил хорошую поддержку мэйнстрим-радиостанций.

Винни начал, гастролировать с другими хард-роковыми группами, принадлежавшими к хард-роковой сцене. Он присоединился к группе Элиса Купера (Alice Cooper) во время тура в поддержку его альбома "Неу Stoopid", а также выпустил два чрезвычайно популярные видеошколы, в которых показывал уроки игры на гитаре. Но в 90-е годы интерес к гитарной музыке значительно сократился, многие прежде именитые гитаристы ушли с большой сцены, но Винни Мур, благодаря своим усилиям по обучению гитарному мастерству, а также благодаря своей выдающейся игре на гитаре выжил. В 1996-м году он выпускает 4-ый сольный альбом "Out Of Nowhere" на компании Mayhem в компании с басистом Дорианом Харт-сонгом (Dorian Heartsong) и ударником Брайэном Тичи (Brian Tichy). Сопоставимый с такими гитарными героями, как Эл ДиМеола (Al DiMeola) и Джо Сатриани (Joe Satriani) Винни Мур продолжает своё плодовитое сотрудничество со Shrapnel records и таким образом без проблем переходит из девяностых в новое столетие. В 1999-м году последовал диск "The Maze, на котором помимо Винни засветился весьма "звёздный" состав: басист Дэйв Ля Рю (Dave LaRue - из THE DREGS), барабанщик Шейн Гаалаас (Shane Gaalaas из MGS) и знаменитый клавишник (а в действительности гитарист) Тони МакАлпин (Tony MacAlpine). По результатам последовавшего тура в 2000-м году был выпущен концертник "Live!". И, наконец, в 2001-м году - новый, шестой по счёту студийный альбом "Defying Gravity". В его записи Муру помогали басист Ля Рю, ударник Стив Смит (Steve Smith, ex-JOURNEY, STORM) и клавишник Дэвид Розенталь (David Rosenthal, ex-RAINBOW).