Сразу после фестиваля группа развалилась на части, и следующие полтора года жизни Мастейна прошли под лозунгами "пьянству - бой!" и "нет наркотикам!". Лишь в конце 1989-го года MEGADETH вернулись в студию, записав для саундтрека к фильму "Электрошок" вполне пристойную кавер-версию хита ALICE COOPER 1973-го года под названием "No More Mr. Nice Guy". Состав коллектива успел обновиться - место Чака Бейлера занял новый барабанщик Ник Мен-за (Nick Menza, ex-RHOADS), a Джеффа Янга сменил молодой гитарист-виртуоз Марти Фридман (Marty Friedman, ex-CACOPHONY), уже выпустивший к тому моменту несколько альбомов на Shrapnel Records вместе с Джейсоном Беккером (Jason Becker). Вышедший осенью новый альбом "Rust In Peace", записанный с продюсером Майком Клинком (Mike Clink), доказал, что поклонников у группы отнюдь не убавилось - вернувшись на родину после выступления на фестивале Rock In Rio II в Рио-де-Жанейро в начале 1991-го года, MEGADETH получили третий по счету золотой диск. Остаток года был посвящен турне по США "в обойме" с ANTHRAX, SLAYER и ALICE IN CHAINS. Настоящий коммерческий прорыв, однако, был у MEGADETH еще впереди - летом 1992-го года пятый альбом, "Countdown To Extinction", попал в первую десятку чартов по разные стороны Атлантики. Не последнюю роль в этом успехе сыграло некоторое "смягчение" стиля, по сравнению с первыми четырьмя альбомами MEGADETH - группа играла теперь уже не заводной трэш, а просто добротный хэви-металл. MEGADETH провели следующие несколько лет в постоянных турне, начав с материковой Европы, Великобритании и США, а затем добравшись и до Японии, Австралии и Южной Америки. В студию музыканты заглядывали лишь для того, чтобы прикоснуться к волшебному миру кино -MEGADETH, на счету которых, кроме "Электрошока", были также композиции в саундтреках к фильмам "Мнимое путешествие Билла и Теда" и "Супербратья Марио", появились также на саундтреке "Последнего киногероя" в 1993-м году. В это же время группа записала по одной композиции для диска "The Beavis & Butt-head Experience" (саундтрек к популярному мультсериалу) и трибьюта BLACK SABBATH "Nativity In Black". Эти и другие редкие студийные записи вошли впоследствии в сборник "Hidden Treasures", выпущенный в 1995-м году.